元初，万山始以行政区划的名称载入史册。元至十四年（1277年）置大万山苏葛办等处军民长官司（今高楼坪侗族乡郭家村万山司），辖及今万山镇和高楼坪侗族乡及铜仁市鱿鱼铺等地。黄道溪野鸡坪等处蛮夷长官司，治茅坡（今玉屏侗族自治县朱家场），辖境为今特区黄道侗族乡和玉屏、岑巩、镇远等3县的部分地方；施溪漾头长官司，治漾头（今铜仁市漾头区），辖及今特区下溪侗族乡和铜仁市漾头区。明清时，万山辖地沿元未变，民国2年8月（1913年）设置省溪县，县公署驻万山城上街（今万山镇解放街）。
       1949年，建立玉屏县第六区人民政府。1950年改为区公所。1958年12月29日，国务院批准撤销玉屏、江口县，并入铜仁县，万山随之划属铜仁县管辖。1966年2月22日，中共中央、国务院（66）119号文件批准，建立万山特区，明确“万山特区的行政区划为现属玉屏县万山区的高楼坪、黄道、新庄三个公社和现属铜仁漾头区的敖寨公社，隶属贵州省铜仁地区”，同年5月1日建立万山特区人民委员会